عوامل موثر درفرایند خاموشی ژن پس از نسخه برداری :
برای شناخت اصول خاموشی ژن دانشمندان از روش های ژنتیکی و بیوشیمیایی کمک گرفتند. مطالعات غربالگری ژنتیکی در قارچ Neurospora crassa ،گیاه Arabidopsis thaliana جلبک Chlamydomonas reinhardtii و نماتدC.elegans برای پیدا کردن موتاسیون در سیستم خاموشی ژن پس از رونویسی انجام شد. آنالیزاین موتانت ها باعث شناسایی آنزیم ها و پروتئین های دخیل در این فرایند شد.بعضی از این اجزا فقط به عنوان آغازگر(Initiator) شناخته شده اند در صورتیکه بقیه به عنوان تأثیر گذار(Effector)، تکثیر کننده و منتقل کننده در سیستم خاموشی ژن عمل می کنند.برخی از عوامل شناخته شده در این فرایند شامل موارد ذیل میشوند.
الف) dsRNA :
القاء کننده اصلی PTGS ، RNA دو رشته ای میباشد که منابع اصلی آن عبارتند از:
- نسخه برداری ژنهای با توالی های معکوس و تولید mRNA هایی که سنس و آنتی سنس یکدیگرند و قابلیت جفت شدن با هم را دارا میباشند.
- رونویسی RNA توسط آنزیم RdRp (dsRNA) که اگر رونویسی از روی mRNA صورت گیرد رشته آنتی سنس siRNA نقش پرایمر را برای آنزیم برعهده خواهد داشت اما اگر رونویسی از روی RNA ناقص (Aberrant RNA) که نتیجه شکستن mRNA در فرایند PTGS است صورت گیرد نیازی به پرایمر وجود ندارد.(تصویر ٢).
- همانند سازی RNA ویروسی (تصویر ٣).
- سنتز مصنوعی در آزمایشگاه.
ب) دایسر(Dicer) :
اعضای خانواده RNase IIIدارای تعدادی از نوکلئازها هستند که برای RNA های دو رشته ای به صورت اختصاصی عمل می کنند نوکلئازها RNA های دو رشته ای را برش می دهند و انتهای ´5 فسفات و ´3 هیدروکسیل را از دو انتها بوجود می آورند که انتهای ´3 دارای 2 یا 3 نوکلوئید آویزان میباشد.
Bernstein و همکاران (2001) آنزیم شبه RNase III را از مگس سرکه جدا سازی کردند که توانایی تولید قطعات 22نوکلوئید شبیه به محصولات تولید شده در RNAi را دارا بود این دانشمندان نشان دادند که این آنزیم برای شروع RNAi ضروری است.
به خاطر توانایی برش dsRNA به قطعات با اندازه کوچک و یکسان این آنزیمDicer نامیده شدکه به صورت DCR مخفف میشود و محصول آنرا siRNA (small interfering RNA) مینامند.این نوکلئاز در کرم ها, مگس ها, قارچ ها و گیاهان و پستانداران حفظ شده است. دایسر دارای چهار دوماین یا ناحیه میباشد، دوماین هلیکاز با انتهای آمینی, دوماین دوگانه RNaseIII ، دوماین متصل شونده به dsRNA (dsRNA binding)و دوماین PAZ می باشد.
عمل برش دایسر به وسیله دوماین دوگانه RNaseIII انجام می شود. معمولا دو منومر دایسر با ایجاد چهار مرکز کاتالیتیک بر روی dsRNA عمل میکنند.